In diesem Zusammenhang sind besonders die Verkäuferdarlehen zu beachten. Die Konditionen des Verkäuferdarlehens müssen einem Drittvergleich standhalten, damit nicht eine Umgehung der Vorschriften für die indirekte Teilliquidation vorliegt. Liegt eine solche Umgehung vor, kann dies die Konsequenzen der indirekten Teilliquidation auslösen. Das heisst, ein Teil des Verkaufspreises bildet bei den Verkäufern nicht steuerfreien Kapitalgewinn, sondern wird der Einkommensbesteuerung unterworfen. Mit Blick auf die neueste Rechtsprechung bedeutet das, dass neben einer marktkonformen Verzinsung des Verkäuferdarlehens auch eine nicht übermässig lange Amortisationsdauer vorgesehen werden muss. Dabei ist nicht ganz klar, ab welcher Dauer von einer übermässig langen Amortisationsdauer ausgegangen werden muss und welche Amortisationskadenz als nicht mehr marktkonform gilt. Bei der Amortisationsdauer wird teilweise davon ausgegangen, dass sieben Jahre als noch marktkonform gelten. Um hinsichtlich der Marktkonformität eines Verkäuferdarlehens Sicherheit zu haben, ist zu empfehlen, einen verbindlichen Vorabentscheid (Ruling) bei der Steuerverwaltung einzuholen.
Als Verkäufer einer Aktiengesellschaft, empfiehlt es sich im Kaufvertrag, eine Klausel der Schadloshaltung im Falle einer indirekten Teilliquidation einzubauen. Sollte sich der Käufer nicht an die Vorgaben halten, müsste dieser die Steuerfolgen vom Käufer übernehmen.